注册 | 登录
|
大家在实际科研中经常碰到一个问题,就是在实验中根据转录组数据后可以求出一个共表达网络,知道哪些基因一起表达但不知道基因之间实际是怎样相互作用的。共表达其实是基于基因之间的相关系数,而相关系数跟实际的作用机制大概是一个包含的关系。即有调控关系相关系数比较大,相关系数比较大不一定有调控关系。举两个最简单的例子,如果A基因同时调控了B和C (single input),那么B和C之间的相关系数也是比较大的;又比如A调控B,B调控C (cascade),A和C之间也有相关性。这两种拓扑结构按相关系数去构建的话都是全连通的图。
那么有没有可能根据某些模型在相关系数(甚至其它指标)的基础上得到更接近调控网络的结构呢,答案是肯定的,现在已经有这样的技术能够挖掘出直接的调控关系,删掉非直接的调控路径。我们这里介绍一篇Nature Biotech的工作就是处理了这类问题。他们采用的方法叫做网络反卷积(Network Deconvolution)。就整个问题的框架,可以参考下图
我们发现对于左侧的实际网络,实际观测得到的往往是右边这种包含很多非直接相互作用关系的连接比较稠密的网络。那么网络反卷积就是通过对右侧的观测网络进行某种操作,得到左侧的直接相互作用网络。这种操作的数学原理是这样的(其实并不高深),就是将观测得到的相互作用展开为直接相互作用和间接相互作用的线性加和,即
Gij反映的是j对i的总相互作用,Sij反映的是j对i的直接相互作用。把公式右侧的G一直用这个公式迭代,就建立了直接作用网络和观测网络之间的关系,而具体的计算就是线性代数的问题了。作者通过计算可以发现即使直接相互作用和间接相互作用不满足上述的线性叠加关系,也可以去除网络中大部分的非直接作用关系。如下图所示
作者证明了甚至对于已有的网络发掘的算法,再利用网络反卷积算法精度都会有所提高,这是一个有趣的结果。还有一些有趣的应用,包括利用该算法预测蛋白质结构,预测科研合作网络的强度等等,也揭示了逆向工程技术应用的广度。
Archiver| 手机版| 科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-4-24 19:12
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社
玻璃钢生产厂家南京玻璃钢餐桌椅制造黄山玻璃钢休闲椅价格淮北玻璃钢摆件哪家好运城玻璃钢制品批发达州玻璃钢卡通雕塑定做常德玻璃钢外壳生产厂家福州玻璃钢花钵生产厂家株洲玻璃钢花钵哪家好汕头玻璃钢装饰工程厂家直销吉安商业美陈生产厂家张掖玻璃钢花钵加工云浮不锈钢家具公司金华玻璃钢装饰造型批发三亚玻璃钢人物雕塑多少钱黑龙江玻璃钢休闲椅厂家新余玻璃钢雕塑厂家荆州不锈钢花盆批发日照玻璃钢树池生产厂家肇庆玻璃钢花槽价格漳州玻璃钢制品批发衢州玻璃钢花钵制造衡水玻璃钢前台制造三沙玻璃钢机械外壳生产厂家东营玻璃钢茶几厂贵阳玻璃钢机械外壳价格晋中玻璃钢装饰加工宁波玻璃钢厂拉萨玻璃钢公仔雕塑公司常德玻璃钢机械外壳厂新乡玻璃钢花箱制造香港通过《维护国家安全条例》两大学生合买彩票中奖一人不认账让美丽中国“从细节出发”19岁小伙救下5人后溺亡 多方发声卫健委通报少年有偿捐血浆16次猝死汪小菲曝离婚始末何赛飞追着代拍打雅江山火三名扑火人员牺牲系谣言男子被猫抓伤后确诊“猫抓病”周杰伦一审败诉网易中国拥有亿元资产的家庭达13.3万户315晚会后胖东来又人满为患了高校汽车撞人致3死16伤 司机系学生张家界的山上“长”满了韩国人?张立群任西安交通大学校长手机成瘾是影响睡眠质量重要因素网友洛杉矶偶遇贾玲“重生之我在北大当嫡校长”单亲妈妈陷入热恋 14岁儿子报警倪萍分享减重40斤方法杨倩无缘巴黎奥运考生莫言也上北大硕士复试名单了许家印被限制高消费奥巴马现身唐宁街 黑色着装引猜测专访95后高颜值猪保姆男孩8年未见母亲被告知被遗忘七年后宇文玥被薅头发捞上岸郑州一火锅店爆改成麻辣烫店西双版纳热带植物园回应蜉蝣大爆发沉迷短剧的人就像掉进了杀猪盘当地回应沈阳致3死车祸车主疑毒驾开除党籍5年后 原水城县长再被查凯特王妃现身!外出购物视频曝光初中生遭15人围殴自卫刺伤3人判无罪事业单位女子向同事水杯投不明物质男子被流浪猫绊倒 投喂者赔24万外国人感慨凌晨的中国很安全路边卖淀粉肠阿姨主动出示声明书胖东来员工每周单休无小长假王树国卸任西安交大校长 师生送别小米汽车超级工厂正式揭幕黑马情侣提车了妈妈回应孩子在校撞护栏坠楼校方回应护栏损坏小学生课间坠楼房客欠租失踪 房东直发愁专家建议不必谈骨泥色变老人退休金被冒领16年 金额超20万西藏招商引资投资者子女可当地高考特朗普无法缴纳4.54亿美元罚金浙江一高校内汽车冲撞行人 多人受伤